Образование системы государственной архивной службы Кыргызстана началось с 30 августа 1926 г., когда Облисполком Киргизской автономной области, являвшийся в тот период высшим органом государственной власти, принял постановление «Об организации архивного дела в КАО и приведении в порядок архивного материала при учреждениях, находящихся на территории КАО».
В соответствии с этим постановлением 1 сентября 1926 г. при облисполкоме КАО было создано Архивное бюро, на которое возлагалась организация архивного дела в Кыргызстане. Архивным делом в округах руководили окружные исполкомы, с которыми Архивное бюро поддерживало тесную связь. Их задачей было выявить и взять на учет имеющиеся архивные материалы во всех учреждениях и создать из этих материалов местный Единый государственный архивный фонд.
В марте 1927 г. Архивное бюро было переименовано в Центральное архивное управление (Центрархив Киргизской АССР) при ЦИК Киргизской АССР. В соответствии с Положением, утвержденным 2 февраля 1929 г. Президиумом ЦИК Киргизской АССР, на Центрархив возлагалась организация сети архивных органов на территории республики, выявление, учет и сосредоточение отложившихся архивных материалов. В структуру Центрархива входили архив Октябрьской революции и Исторический архив. Собранные ими архивные материалы впоследствии вошли в фонд крупнейшего архива республики – Центрального государственного архива.
В этот же период в округах и кантонах были образованы Архивные бюро. Они подчинялись соответствующим исполкомам и занимались сбором и описанием архивных документов. В республике функционировали Ошское окружное архивное бюро, Фрунзенский, Каракольский, Нарынский, Таласский кантархивы.
В связи с ликвидацией округов и кантонов в 1930 г. и созданием в Кыргызстане районов архивные учреждения были реорганизованы в Ошский и Каракольский городские и Нарынский районный архивы, а Фрунзенский и Таласский кантархивы присоединены к Центрархиву. Архивное дело в каждом из районов было вменено в обязанности секретарей районных исполкомов.
С 1931 г. сеть городских и районных архивов как базовых организаций была расширена и представлена самостоятельными архивными учреждениями в городах Караколе, Нарыне, Токмаке, Джалал-Абаде, Оше, Сулюкте и селении Дмитриевка.
В период с 1931 по 1937 г. районные архивы с переменным составом документов были образованы во всех районах республики, их общее количество достигло 45.
В соответствии с постановлением Президиума Верховного Совета Киргизской ССР от 10 сентября 1938 г. Центральное архивное управление было передано в ведение Наркомата внутренних дел Киргизской ССР, остальные архивные учреждения – в подчинение соответствующих местных органов НКВД.
Приказом Наркомата внутренних дел Киргизской ССР от 20 мая 1939 г. № 270 Центральное архивное управление было реорганизовано в Архивный отдел НКВД Киргизской ССР, которому подчинялись Республиканский (Центральный) государственный архив и архивные учреждения на местах.
В связи с реформой административно-территориального деления и образованием в Киргизской ССР пяти областей при Фрунзенском, Ошском, Джалал-Абадском, Иссык-Кульском и Тянь-Шанском облисполкомах на основании постановления Совнаркома Киргизской ССР от 26 января 1940 г. № 81 образовались областные архивные управления, в состав которых на правах структурных подразделений входили областные государственные архивы. С 1944 г. они стали самостоятельными учреждениями.
В соответствии с постановлением Совнаркома Киргизской ССР от 8 августа 1941 г. № 746 в г. Фрунзе был организован Центральный государственный архив фонофотокинодокументов, который в 1958 г. был объединен с Центральным государственным архивом Киргизской ССР, а в 1972 г. вновь стал самостоятельным архивом - Центральным государственным архивом кинофотофонодокументов.В 1944 г. с образованием Таласской области был организован и Таласский облгосархив.
Наряду с областными продолжали функционировать районные и городские архивы.
Постановлением Совета Министров Киргизской ССР от 29 июня 1960 г. № 346 Архивный отдел МВД Киргизской ССР преобразован в Архивный отдел при Совете Министров Киргизской ССР, архивные отделы УВД исполкомов областных Советов были объединены с областными государственными архивами.
В связи с изменением административно-территориального деления республики менялась и структура государственной архивной службы. К 1963 г. в связи с ликвидацией Иссык-Кульской, Джалал-Абадской, Тянь-Шанской, Таласской, Фрунзенской областей в республике функционировали Центральный государственный архив и лишь один областной архив – Ошский. В связи с этим районные и городские архивы с переменным составом документов были преобразованы в районные и городские государственные архивы с постоянным составом документов. Всего действовало 21 районный и 9 городских архивов.
В целях улучшения постановки архивного дела в республике постановлением Совета Министров Киргизской ССР от 19 декабря 1964 г. № 561 Архивный отдел был преобразован в Архивное управление при Совете Министров Киргизской ССР. Была также реорганизована сеть государственных архивов: вместо районных и городских архивов образовалось 8 филиалов Центрального государственного архива и 8 филиалов Ошского облгосархива.
В соответствии с постановлением Совета Министров Киргизской ССР от 4 апреля 1968 г. №121 существующая сеть государственных архивов была укрупнена, всего осталось 9 архивов: Центральный государственный архив с филиалами в пос. Кант, с. Калининское, городах Пржевальске, Таласе и Нарыне и Ошский областной государственный архив с филиалами в городах Джалал-Абаде и Кызыл-Кия. На их базе в соответствии с административно-территориальными изменениями к 1990 г. были восстановлены Нарынский, Иссык-Кульский, Таласский и Джалал-Абадский облгосархивы.
Постановлением Совета Министров Киргизской ССР от 6 ноября 1987 г. № 510 из состава ЦГА Киргизской ССР в качестве самостоятельного архива выделился Центральный государственный архив научно-технической документации Киргизской ССР, но на основании постановления Совета Министров Киргизской ССР от 3 июля 1990 г. он был упразднен, и его документы вновь переданы Центральному госархиву.
После распада СССР и прекращения деятельности Коммунистической партии Советского Союза в 1991 г. в систему государственной архивной службы влились бывшие архивы Коммунистической партии Киргизии. Постановлением Кабинета Министров Республики Кыргызстан от 9 декабря 1991 г. № 568 партархив Института истории партии при ЦК КП Кыргызстана реорганизован в Центральный государственный архив политической документации с филиалом в г. Оше. Их задачей является сохранение и использование документов компартии и комсомола, а также современных общественно-политических организаций.
С организацией в 1992 г. Чуйской области был создан Чуйский облгосархив, а после образования в 1999 г. Баткенской области на базе Кызыл-Кийского филиала Ошского облгосархива создан Баткенский облгосархив. Архивные документы филиала перевезены из г. Кызыл-Кия в г. Баткен.
В 1975 г. на основании решения Нарынского облисполкома в городе Нарыне и районах области с целью централизованного учета и хранения документов по личному составу были организованы объединенные межведомственные архивы по личному составу (ОМАЛСы). Позже на основании постановления Совета Министров Киргизской ССР от 14 июля 1977 г. № 377 такие архивы были организованы во всех городах и районах республики. В 90-х гг. в связи с переходом на бюджетное финансирование эти архивы стали именоваться районными и городскими архивами по личному составу. Постановлением Правительства Кыргызской Республики от 29 апреля 2002 г. № 264 они получили статус государственных архивов. По мере возможности районные и городские государственные архивы стали комплектоваться документами постоянного срока хранения.
Центральные государственные архивы, Бишкекский городской государственный архив, а с 2003 г. в связи с принятием Закона Кыргызской Республики «О статусе города Ош» и Ошский городской государственный архив подчинялись непосредственно республиканскому органу управления архивным делом, который также претерпел ряд реорганизаций. Постановлением Совета Министров Киргизской ССР от 29 сентября 1980 г. № 507 Архивное управление при Совете Министров Киргизской ССР было преобразовано в Главное архивное управление при Совете Министров Киргизской ССР.
До 1991 г. республиканский орган управления архивным делом административно подчинялся Совету Министров Киргизской ССР, функционально – Главному архивному управлению при Совете Министров СССР. С обретением Кыргызстаном государственной независимости постановлением Кабинета Министров Республики Кыргызстан от 13 сентября 1991 г. Главное архивное управление при Совете Министров Киргизской ССР было преобразовано в Главное архивное управление при Кабинете Министров Республики Кыргызстан.
На основании Указа Президента Республики Кыргызстан от 10 февраля 1992 г. оно было реорганизовано в Государственное архивное агентство при Правительстве Республики Кыргызстан (с 1994 г. при Правительстве Кыргызской Республики). Указом Президента Кыргызской Республики от 3 апреля 1998 г. № 92 – в Департамент по архивному делу при Министерстве образования, науки и культуры Кыргызской Республики. В соответствии с приказом Министерства образования и культуры Кыргызской Республики от 16 апреля 2001 г. № 164/1 – в Управление по архивному делу при Министерстве образования и культуры Кыргызской Республики. На основании Указа Президента Кыргызской Республики от 11 июня 2003 г. – в Государственную архивную службу Кыргызской Республики при Правительстве Кыргызской Республики.